保稅貨物進境時，貨主或其代理人在入境地報關(guān)，向海關(guān)交驗進口貨物報關(guān)單一式三份，報關(guān)單右上角加蓋“保稅貨物”戳記，同時注明此批貨物系存入某保稅倉庫。貨物的運單、發(fā)票、裝箱單等。異地口岸報關(guān)時，應(yīng)另交驗主管海關(guān)核發(fā)的《保稅倉庫證書》或制作的關(guān)封。經(jīng)海關(guān)驗放后，將報關(guān)單二份退報關(guān)人隨貨帶交保稅倉庫，倉庫經(jīng)理人應(yīng)于貨物入庫后即在報關(guān)單上簽收，并將一份退交備案登記的海關(guān)，另一份留存。 
要從備料保稅倉庫中提取貨料，貨主應(yīng)事先持批準(zhǔn)文件、合同等有關(guān)單證向海關(guān)辦理備案登記手續(xù)，并填寫來料、進料加工專用報關(guān)單和保稅倉庫領(lǐng)料核準(zhǔn)單一式三份，一份由批準(zhǔn)海關(guān)備存，一份由領(lǐng)料人留存，一份由海關(guān)簽蓋放行章后交貨主。倉庫經(jīng)理人憑海關(guān)簽印的領(lǐng)料核準(zhǔn)單交付有關(guān)貨物并憑以向海關(guān)辦理核銷手續(xù)。
保稅倉庫進口庫內(nèi)作業(yè)使用的物品，如貨架、辦公用品、管理用具、運輸車輛、搬動或起重、包裝設(shè)備以及改裝用的機器等，不論是價購的或者是外商無償提供的，都要照章繳納關(guān)稅和產(chǎn)品（增值）稅。
保稅倉庫所存保稅貨物經(jīng)海關(guān)核準(zhǔn)轉(zhuǎn)為進入國內(nèi)市場銷售時，由貨主或其代理人向海關(guān)遞交進口貨物許可證、進口貨物報關(guān)單以及海關(guān)需要的其他單證并按章交納關(guān)稅和產(chǎn)品（增值）稅或工商統(tǒng)一稅后，由海關(guān)簽章放行，將原進口貨物報關(guān)單注銷。
保稅貨物復(fù)運時，貨主或其代理人應(yīng)填寫出口貨物報關(guān)單，一式三份并交驗進口時由海關(guān)簽章的報關(guān)單，向當(dāng)?shù)睾ｊP(guān)辦理復(fù)運出口手續(xù)，海關(guān)核查后在報關(guān)單上簽章，一份留存，一份發(fā)還，一份隨貨帶交出境地海關(guān)憑以放行貨物出境。
保稅倉庫所存貨物儲存期為一年，如有特殊情況，可以向海關(guān)申請延長，但延期最長不得超過一年。
保稅工廠進口料、件和出口成品時，由經(jīng)營人或其代理人填寫專用進出口貨物報關(guān)單一式四份，并在右上角加蓋保稅工廠貨物戳記，隨附有關(guān)單證和業(yè)料（進料）加工手冊，向進出境地海關(guān)申報。經(jīng)海關(guān)審核后，將其中一份寄送主管海關(guān)，另一份由海關(guān)簽章后，退回申報人交保稅工廠留存?zhèn)洳椤１６惞S在失去海關(guān)嚴(yán)密監(jiān)管條件或發(fā)生違反海關(guān)規(guī)定的行為時，海關(guān)將吊銷其保稅工廠證書，并對其違規(guī)行為按海關(guān)法進行處理。
保稅貨物在存放期間如發(fā)生殘損、變質(zhì)或原物自然消失，已不能復(fù)出口或出售時，經(jīng)營單位應(yīng)及時向主管海關(guān)報告，井填制保稅貨物殘損清單，經(jīng)海關(guān)核實并派員現(xiàn)場監(jiān)管銷毀后，保稅倉庫憑有關(guān)海關(guān)單證入帳沖銷，如因殘不能復(fù)出口轉(zhuǎn)在國內(nèi)銷售時，經(jīng)營單位須向主管海關(guān)申請批準(zhǔn)，經(jīng)海關(guān)查驗核準(zhǔn)后可適當(dāng)減征稅款。
保稅貨物在保稅倉庫有效期發(fā)生短少，除由于不可抗力的原因者外，其短少部分應(yīng)當(dāng)由保稅倉庫經(jīng)理人承擔(dān)交納稅款的責(zé)任，并由海關(guān)按有關(guān)規(guī)定進行處理。

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